Der Europäische Rat beschließt am 18. Februar 2003 die Dublin-II-Verordnung und gibt somit eine weitere Regelung in der Außen-und Sicherheitspolitik der EU vor. Die Verordnung leitet den Beginn einer restriktiven Asylpolitik ein, die den ursprünglichen Gründungsmitgliedern der EU erlaubt, vielen Geflüchteten die Aufnahme zu verwehren.
Mit der Dublin-II-Verordnung wird geregelt, welcher Staat für die Durchführung des Asylverfahrens zuständig ist, wenn eine Person in der EU (sowie Schweiz, Norwegen, Island, Liechtenstein) einen Asylantrag stellt. Zuständig ist hierbei der Staat, der die Einreise veranlasst bzw. nicht verhindert hat. Eine asylsuchende Person ist also verpflichtet in dem ersten europäischen Staat, den sie*er betritt, einen Antrag auf Asyl zu stellen. Geschieht dies in einem anderen Staat, so kann eine Überstellung der Person an den „zuständigen Staat“ beantragt und veranlasst werden.
Dies führt dazu, dass die Länder, die sich an den südlichen Außengrenzen Europas befinden (insbesondere Malta, Italien, Spanien und Griechenland), eine zunehmend restriktive Asylpolitik betreiben, um nicht für die Kosten der Asylverfahren aufkommen zu müssen. In diesem Zusammenhang entsteht auch die Grenzschutzorganisation Frontex welche die EU-Grenzschutzpolitik koordiniert, Außengrenzen kontrolliert und Rückführaktionen einzelner Mitgliedstaaten unterstützt. Dadurch verfestigt sich das Bild der „Festung Europas“, die sich zunehmend nach außen hin abschottet. Die Staaten im Inneren Europas (Deutschland, Österreich, Belgien, Niederlande) als auch im Norden Europas (Dänemark, Schweden Finnland, Norwegen) sichern sich mit der Dublin II Verordnung rechtlich gegen die Aufnahme von Geflüchteten und Asylsuchenden ab.
Seit 2003 gibt es zudem die Europäische Fingerabdruckdatenbank EURODAC, mit der überprüft wird, wo und wann eine asylsuchende Person die EU-Außengrenzen überschritten und ob sie bereits in einem anderen Staat einen Antrag gestellt hat. Damit wird sichergestellt, dass eine Person innerhalb der Mitgliedsstaaten jeweils nur ein Asylverfahren beantragen kann. Mit dem Dublin III Abkommen vom 19. Juli 2013 haben nun auch die Polizei und andere Sicherheitsbehörden Zugriff auf die gespeicherten Daten.
Kritisiert wird die Dublin-II-Verordnung wegen der besonders hart kontrollierten EU-Außengrenzen und der nicht in allen Staaten gleichermaßen erfüllten Asyl- und Sozialstandards. Kritiker*innen der deutschen Praxis merken außerdem an, dass das Bundesamt für Migration und Flüchtlinge die Überstellung oftmals ohne Mitteilung an die Betroffenen vorbereitet und die Abschiebung ohne vorherige Androhung durchführen lässt. Die Abschaffung der Dublin II Verordnung ist eine zentrale Forderung der bundes- und europaweiten Refugee-Proteste seit 2012 (siehe Refugee-Proteste, 2012-2014).